2000年，又被称为千禧年。在我国传统文化中，“禧”旁从“礼”，禧，礼吉也，千禧大吉。

　　2000年，对于南京同仁堂，也有特殊的意义。

　　时代洪流滚滚，很多老字号企业拥有得天独厚的历史，却疏于创新发展，由此而失去了生机，逐渐被时代所淘汰；也有些老字号企业通过自身的艰难探索，走上了创新发展之路。2000年7月，南京同仁堂被市科委认定为“高新技术企业”，成为全国重点中药厂之一，每年都有国家级的新药投产。老字号企业再次焕发新的生机，也开启了自己的千禧新时代。

　　时代呼唤创新，创新是拥有自主知识产权和核心技术的。在探索前进的道路上，南京同仁堂一直在思考，拥有厚重的历史是先辈留下的宝贵财富，同时也是一份需要传承的沉甸甸的责任。如何借力于时代，找到自身发展特色而不被时代淘汰，是关于生存的命题；如何顺应时代，将中医药文化传承下来，是南京同仁堂需要思考的哲学问题。好在重重迷雾中的南京同仁堂，终于还是没有走丢。

　　创新，是企业发展的源动力，在南京同仁堂的发展中，不断引入新技术、新方法，在保留古法的同时，尽可能以新的方法生产中成药品。虽然拥有众多古方药剂，但是在发展中求精不求多，主动淘汰了疗效并不显著、异名同方的一些药品；为了确保产品质量，成立优质的QC小组，对产品质量严格把关。正是因为一次次的删繁就简，一次次的革新发展，终于拥有了踏入高新技术企业的资历，和拥抱时代的能力。

　　2000年后的南京同仁堂，进入发展新时代。2001年，中药制剂车间GMP改造项目验收竣工；2002年12月，公司的九个剂型一次性顺利通过ＧＭＰ认证，在全省中药行业首开先例；２００６年，南京同仁堂被商务部认定为第一批“中华老字号”企业。

　　近百年来，南京同仁堂始终恪守“品味虽贵必不敢减物力，炮制虽繁必不敢省人工”的祖训，奉行“同修仁德，济世养生”的精神准则，形成了“诚信为本，质量为天，用心服务，品类齐全”的经营特色，被国家有关部门命名为“中华老字号”和“中国中药名店”。

　　2013年，营销改制，适应市场经济发展，南京同仁堂开启了第一个五年规划；2019年，南京同仁堂（江北新区）厂区落成，通过GMP现场认证！

　　新世纪，老字号企业气场全开，带着百年传承，带着激昂勇气，继续腾飞！