无论是哪种药物，或多或少都有点副作用。上述6类药物都胜在药用效果显著，但副作用大小不一，相比较而言，其中乙酰氨基酚、布洛芬这2类退烧药的副作用最小。

此类药物往往对肠胃道有一定刺激，其中安乃近、氨基比林不利影响更为突出，可造成患儿虚脱甚至休克。若是孩子体质过敏，可引起药疹、荨麻疹，甚至使患儿有性命之忧。幸而，此类药物已逐渐被取代。